Департамент биологических ресурсов Минприроды РС(Я) образован Указом Президента РС(Я) от 9 октября 1995 года № 1182 и постановлением Правительства РС(Я) от 31 октября 1995 года № 475, на базе Управления регулированием природопользования Минприроды РС(Я), лаборатории охотничьего хозяйства и Департамента прогнозирования и регулирования рыбных ресурсов РС(Я).
Основу кадрового состава вновь созданного Департамента составили специалисты с высшим образованием биологической направленности, в том числе 8 кандидатов биологических наук и 1 кандидат экономических наук. Многие сотрудники имели многолетний опыт работы по различным направлениям биологии (зоология, ихтиология, орнитология, энтомология, ботаника) в научных подразделениях республики.
Проходившая в 90-х годах прошлого столетия в стране масштабная административная перестройка ликвидировала в республике специализированные учреждения по рыбо- и охотохране. В связи с чем, на вновь созданный Департамент биоресурсов были возложены все функции, касающиеся не только охраны и использования рыбных и охотничьих ресурсов, но и в области всего животного мира, включая и ведение Красной книги РС (Я).
Созданное единое государственное управление в области использования биологических ресурсов, позволило эффективно решать вопросы рационального природопользования и в полной мере соответствовало ст. 12 Федерального закона «О животном мире», запрещающей совмещение деятельности по осуществлению государственного контроля за использованием и охраной животного мира и среды его обитания с деятельностью по использованию объектов животного мира.
Департамент, являясь структурным подразделением Министерства охраны природы Республики Саха (Якутия), впервые в истории Якутии созданной единой республиканской природоохранной системы, осуществлял свою деятельность на всей территории республики через районные, территориальные и бассейновые комитеты и инспекции охраны природы. Данная схема государственного управления была одобрена Госкомитетом по охране окружающей среды Российской Федерации и Коллегией Якутской республиканской прокуратуры, а также российскими и зарубежными специалистами в области охраны природы, как наиболее удачная система среди субъектов России, действительно отвечающая целям и задачам сохранения живой природы. В 1998 году Управлением сохранения биоразнообразия Госкомитета по охране окружающей среды Российской Федерации, информация о деятельности Департамента биоресурсов Минприроды РС(Я) была распространена официальным обращением как положительный пример всем регионам Российской Федерации.
Департамент начал свою деятельность с разработки и проведения практических мероприятий по «Программе реализации Государственной экологической политики в области сохранения и обогащения биоразнообразия флоры и фауны», утвержденной Указом Президента РС(Я) от 7 мая 1996 года № 1376. Проведена большая работа по совершенствованию нормативно-правовой базы в области охраны и регулирования использования биоресурсов, а также по приведению в соответствие федеральному законодательству нормативных правовых актов республики по охране животного мира и водных биоресурсов. Были подготовлены проекты законов Республики Саха (Якутия) – «О рыболовстве, рыбном хозяйстве и сохранении водных биологических ресурсов» и «Об охоте и охотничьем хозяйстве», регулярно разрабатывались нормативные правовые акты, в том числе указы и распоряжения Президента РС(Я), постановления и распоряжения Правительства РС(Я).
До 2008 года все полномочия по организации и осуществлению охраны и воспроизводства объектов животного мира, в том числе отнесенных к объектам охоты, исполнял Департамент биоресурсов.
Департаментом был подготовлен проект постановления Правительства РС(Я) от 26 марта 2001 года № 181 «О порядке ведения учета объектов животного мира на территории РС(Я)», который регулировал порядок и периодичность проведения работ по учету объектов животного мира в целях научно обоснованного квотирования их добычи, организовывались авиа- и наземные учеты численности животных. Так, данным постановлением были выделены финансовые средства на проведение авиавизуального учета численности копытных животных на всей территории республики. На основании регулярно проводимых зимних маршрутных учетов охотничье-промысловых животных осуществлялось лимитирование их добычи и организация охранных мероприятий. Одним из значимых моментов этой работы является то, что Департаментом были сформированы и обучены постоянно действующие группы учетчиков из специалистов научных подразделений республики, которые и в настоящее время являются главным звеном ведения учетных мероприятий, специально уполномоченным органом в области охоты.
